條例草案規定,因濕地保護需要造成濕地所有者、使用者的合法權益受到損失的,應當依法補償,對其生產、生活造成影響的,應當作出妥善安排;鼓勵受益地區與濕地保護地區通過資金補償、對口協作、產業轉移、人才培訓等方式建立橫向補償關系。為有效遏止盲目開發濕地資源、亂占濫用濕地等現象發生,條例草案還作出劃定濕地生態紅線的規定,要求縣級以上人民政府應當科學合理劃定并嚴守濕地生態紅線,確保濕地生態功能不降低、面積不減少、性質不改變。
條例草案還進一步明確了政府主體責任,規定縣級以上人民政府對本行政區域內濕地保護負責,并實行生態環境損害責任終身追究制,對不履職、不當履職、違法履職造成嚴重后果和惡劣影響的進行責任追究。